小丑鱼的身体呈长圆形,侧扁。头部较大,口裂大,眼睛位于头顶上方,无须。背鳍和臀鳍相对,背鳍位于体后部,臀鳍与背鳍几乎相对,胸鳍宽短,腹鳍位于胸部。尾鳍叉形。
小丑鱼的体色随环境变化而改变:在光线暗淡的环境中,它的身体为黑褐色;当光线明亮时,则呈浅黄色或橙红色。这种鱼的雌雄鉴别比较困难,因为它的性别完全取决于环境。如果环境良好,雌鱼很快就会产卵,雄鱼则守卫着卵,直到孵出幼鱼。小丑鱼有一个奇怪的特点:当它眼睛的视网膜受到损伤时,仍然能够生存下来并正常地生活。